نشأت فكرة متحف النوبة إبان الحملة الدولية لإنقاذ آثار النوبة التي دشنتها اليونسكو بناءً على طلب الحكومة المصرية في ١٩٦٠م، ليضم التراث الأثري والتاريخي والحضاري والبيئي للنوبة. بدأت الدراسات لمشروع المتحف في أوائل الثمانينات، حيث شُكلت لجان من المجلس الأعلى للآثار وخبراء من الجامعات المصرية واليونسكو، انتهت بإسناد التصميمات الهندسية إلى المعماري الدكتور محمود الحكيم، أما العرض المتحفي فكان من نصيب المهندس المكسيكي بيدرو راميرز فاسكويز.
اُفتتح متحف النوبة عام ١٩٩٧م بتصميم معماري متميز من ثلاث طوابق يعكس العمارة التقليدية المحلية النوبية، كما تم تكسية جدرانه بالحجر الرملي والجرانيت الوردي المستوحى من طبيعة المنطقة الصخرية المحيطة به، فاستحق الحصول على جائزة أغاخان للعمارة الإسلامية كأفضل مبنى معماري شُيد عام 2001م.
يسلط المتحف الضوء على مراحل تطور الحضارة المصرية في النوبة عبر العصور من الناحية الجغرافية والاجتماعية والثقافية، حيث يضم المتحف آلاف من القطع الأثرية ونماذج من التراث النوبي من خلال قاعة العرض الرئيسية والديوراما التي تعرض التقاليد والحرف اليدوية المحلية في النوبة. يضم المتحف أيضًا قاعة محاضرات ومكتبة وقسم للأنشطة التعليمية ومسرح، وكذلك مدرج مكشوف لعرض التراث الشعبي النوبي.
أما حديقة المتحف، فهي بمثابة متحف مفتوح يضم كهف ذو نقوش صخرية ترجع إلى عصور ما قبل التاريخ، ومجرى مائي يرمز إلى نهر النيل؛ شريان الحضارة المصرية القديمة، ومجموعة من القنوات المائية والجنادل لتوضح العلاقة بين النهر والقرية النوبية المحاطة بنباتات التي كانت منتشرة في العصور القديمة. بالإضافة إلى نموذج للبيت النوبي يعكس لمحات من الحياة اليومية للمصريين في النوبة.
