นับตั้งแต่ปี 2544 เป็นต้นมา ดรุณสิกขาลัย โรงเรียนนวัตกรรมแห่งการเรียนรู้ จึงเริ่มเปิดให้มีการเรียนการสอนเป็นปีการศึกษาแรก ดำเนินการสอนแบบ 2 ภาษา (ไทยและอังกฤษ) โดยเป็นโครงการนำร่องที่ได้รับการสนับสนุนและความร่วมมือระหว่าง MIT Media Lab มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าธนบุรี มูลนิธิศึกษาพัฒน์ และมูลนิธิไทยคม มีวิสัยทัศน์ที่จะมุ่งพัฒนาเด็กไทยให้เป็นพลเมืองโลกและพลเมืองไทยในคนๆ เดียวกันที่รักษาความเป็นไทยไว้ได้และมี passion of learning สูง ด้วยวิธีการจัดการเรียนการสอนตามทฤษฎีการเรียนรู้แบบ Constructionism ซึ่งคิดค้นจากผลงานการวิจัยโดย Professor Seymour Papert แห่ง MIT Media Lab และการบริหารจัดการองค์กรตามหลักการ Learning Organization ซึ่งคิดค้นจากผลงานการวิจัยโดย Peter M. Senge แห่ง MIT Sloan School of Management